Introducción
El virus SARS-CoV-2 que causa la enfermedad COVID-19, ha tenido un fuerte impacto en la salud a nivel mundial. Este virus ha infectado a un gran número de personas causando enfermedad severa, secuelas a largo plazo, defunciones y exceso de mortalidad (1). Así también, esta pandemia ha alterado los servicios y atenciones regulares de salud, ha perturbado los viajes, el comercio, la enseñanza y otras muchas actividades sociales con repercusiones negativas en la salud física y mental de las poblaciones (1,2).
SARS-CoV-2 pertenece al género de los Betacoronavirus y presenta similitudes genómicas con SARS-CoV y MERS-CoV (3). Este virus consta de una nucleocápside y una envoltura externa compuesta por proteínas estructurales, donde su material genético consiste en una cadena de RNA monocatenario de polaridad positiva, donde se codifican proteínas importantes para su transcripción y replicación (3). El mecanismo de infección de SARS-CoV-2 comienza con la unión del virión a un receptor (ACE2) de la célula huésped y su posterior entrada por endocitosis (3).
En el proceso de evolución de los virus, la aparición de cambios en el código genético (por mutaciones genéticas o recombinación viral) durante la replicación del genoma, es un evento natural y esperado (4,5). Un linaje corresponde a un grupo de variantes de virus estrechamente relacionados desde el punto de vista genético, derivados de un ancestro en común (5). Por otro lado, una variante tiene una o más mutaciones que la diferencian de las otras variantes del virus del SARS-CoV-2, mientras que un recombinante es una variante creada por la combinación de material genético de dos variantes diferentes (5).
A medida que el SARS-CoV-2 se ha extendido por el mundo, ha ido acumulando mutaciones en el genoma viral (4). La mayoría de estos cambios genéticos tienen escaso o ningún efecto en las propiedades del virus, como: facilidad de transmisión, severidad de la enfermedad, efectividad de las vacunas, utilidad de los tratamientos, herramientas diagnósticas o cualquier otra medida social o de salud pública (4).
La vigilancia genómica contribuye a investigar de qué forma las variantes impactan en el comportamiento de la pandemia de COVID-19, por lo que desde enero del 2020 la Organización Mundial de la Salud (OMS) en colaboración con redes de expertos, instituciones científicas, investigadores y autoridades gubernamentales, han evaluado regularmente el comportamiento de las variantes de SARS-CoV-2 respecto a su capacidad de transmisión, cuadro clínico, gravedad de los síntomas, o si afectan a las medidas empleadas para enfrentarlo, como los exámenes de diagnóstico, tratamientos disponibles y las vacunas (4). En esta vigilancia genómica ha sido de gran importancia GISAID, una iniciativa internacional de colaboración pública y privada creada en el año 2008, para compartir de forma oportuna, datos genómicos del virus de la influenza y SARS-CoV-2 (6).
Frente al incremento de variantes se debe tener en cuenta las limitaciones existentes en los sistemas de vigilancia, la capacidad de los países y territorios para secuenciar las muestras y los diferentes criterios utilizados para la selección de las muestras a secuenciar. En Chile, los criterios epidemiológicos para la selección de muestras a secuenciar, definidos por el Ministerio de Salud, son: vigilancia genómica en establecimientos de salud y laboratorios de la red de vigilancia de virus respiratorios ISP, vigilancia genómica en fronteras, vigilancia genómica en brotes y vigilancia genómica en grupos especiales (7).
Respecto a la vigilancia genómica de SARS-CoV-2, la OMS denomina “variante de interés” (VOI, por sus siglas en inglés) aquella que presenta cambios genéticos que se estima podrían afectar la transmisibilidad, severidad, escape inmunológico, diagnóstico o terapéutico, junto con haber identificado que esta variante presenta una significativa transmisión comunitaria o conglomerados, se encuentra en varios países con aumento de su prevalencia, o cualquier otro cambio epidemiológico que sugiera un riesgo emergente para la salud pública global (4).
Por otro lado, una “variante de preocupación” (VOC, por sus siglas en inglés) se define como aquella que cumple las características de una VOI, pero además se ha demostrado a través de estudios comparativos que presenta uno o más de los siguientes cambios: aumento de la transmisibilidad, virulencia, cambios en la presentación clínica, disminución de la efectividad de las medidas sociales y de salud pública, herramientas diagnósticas, efectividad de las vacunas o tratamientos (4).
La OMS ha definido un grupo de variantes que se encuentran bajo monitoreo (VUM, por sus siglas en inglés), que incluye a aquellas con cambios genéticos que podrían afectar las características del virus dado que podrían constituir un riesgo futuro, pero aún no se cuenta con evidencia del impacto fenotípico o epidemiológico, lo que se requiere seguimiento y evaluación, siendo esta una clasificación dinámica. Recientemente, se ha definido el grupo de variantes previamente monitoreadas (FMV, por sus siglas en ingles), que corresponden a aquellas variantes VOC, VOI y VUM, incluyendo sus linajes descendientes, que han sido reclasificadas en base a por lo menos uno de los siguientes criterios: la variante no continúa circulando a niveles significativos para la salud pública global, la variante ha circulado durante largo tiempo sin presentar un impacto en la situación epidemiológica general o que la evidencia científica muestra que la variante no está asociada a características de preocupación (6).
La información presentada es dinámica, por lo que podría ser modificada de acuerdo a la investigación epidemiológica que realiza el Ministerio de Salud.
Durante la vigilancia genómica de SARS-CoV-2, las variantes que han sido clasificadas como VOI y VOC se ha ido modificando, siendo una clasificación dinámica. Las variantes actualmente consideradas como VOC son (4):
Variantes de preocupación (VOC)
De este modo, las últimas VOC han reemplazado a otras anteriormente consideradas, como Alpha, Beta y Gamma. Delta alcanzó alrededor de un 90% de todos los secuenciamientos recibidos por GISAID en octubre del 2021, mientras que actualmente Ómicron es la variante dominante, alcanzando más de un 98% de las muestras secuenciadas a nivel global en febrero de 2022 (4).
Ómicron
En noviembre de 2021 la OMS designó el linaje B.1.1.529 del virus SARS-CoV-2 como VOC, asignando el nombre Ómicron. Esta variante se caracteriza por tener un elevado número de mutaciones, especialmente en el gen de la proteína Spike (S) y se ha demostrado que puede tener una capacidad de transmisión hasta 3 veces mayor que la VOC Delta, puede evadir la respuesta inmune e incrementar el número de casos aún en poblaciones con alta cobertura de vacunación. Sin embargo, la evidencia indica que generalmente Ómicron no produce un cuadro clínico más severo y los individuos con esquema completo de vacunación presentan menor hospitalización y muerte (8).
A su vez, los linajes de VOC se encuentran bajo monitoreo (VOC-LUM, por sus siglas en inglés), considerando la evolución interna de las VOC a medida que se transmiten de forma sostenida (4). Así, se ha observado evolución del complejo Ómicron llevando a linajes descendientes con diferentes constelaciones de mutaciones genéticas, donde cada una de éstas puede o no significar un cambio en el riesgo para la salud pública global, así como cada linaje con sustituciones en sitios clave puede requerir seguimiento para determinar su divergencia de la VOC de origen (4). Los sublinajes de Ómicron más comunes son BA.1, BA.1.1 y BA.2 (9). A nivel global, se ha reportado que la proporción de BA.2 ha ido aumentando en relación con BA.1 (9). La secuencia genética de BA.2 difiere de BA.1 por diferencias en aminoácidos de la proteína S, entre otras y la evidencia ha mostrado que BA.2 probablemente es más transmisible que BA.1 (9).
Subvariantes de Ómicron bajo monitoreo
Desde la identificación de esta variante, se ha observado la evolución del complejo Ómicron generando linajes descendientes con diferentes constelaciones de mutaciones genéticas, donde cada una de éstas puede o no significar un cambio en el riesgo para la salud pública global, así como cada linaje con sustituciones en sitios clave puede requerir seguimiento para determinar su divergencia de la VOC de origen (4).
Considerando la diseminación global de Ómicron y el esperado aumento de la diversidad viral, la OMS agregó una nueva categoría al sistema de monitoreo de variantes denominada: “Subvariantes de Ómicron bajo monitoreo" para indicar a las autoridades de salud pública a nivel global, aquellos eventuales linajes de VOC que podrían requerir mayor atención y monitoreo. El objetivo principal de esta nueva categoría es investigar si estos linajes pueden significar un desafío adicional para la salud pública global, comparado con los otros virus circulantes (4).
Mayor información: https://www.ispch.cl/oficina-de-informaciones-reclamos-y-sugerencias-siac-oirs/
Referencias:
Organización Mundial de la Salud. Coronavirus disease (COVID-19) – World Health Organization [Internet]. 2022 [citado 25 de mayo de 2022]. Disponible en: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019
Organización Mundial de la Salud. Declaración acerca de la undécima reunión del Comité de Emergencias del Reglamento Sanitario Internacional (2005) sobre la pandemia de enfermedad por coronavirus (COVID-19) [Internet]. 2022 [citado 25 de mayo de 2022]. Disponible en: https://www.who.int/es/news/item/13-04-2022-statement-on-the-eleventh-meeting-of-the-international-health-regulations-(2005)-emergency-committee-regarding-the-coronavirus-disease-(covid-19)-pandemic
Pastrian-Soto G, Pastrian-Soto G. Bases Genéticas y Moleculares del COVID-19 (SARS-CoV-2). Mecanismos de Patogénesis y de Respuesta Inmune. Int J Odontostomatol [Internet]. septiembre de 2020 [citado 25 de mayo de 2022];14(3):331-7. Disponible en: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_abstract&pid=S0718-381X2020000300331&lng=es&nrm=iso&tlng=es
Organización Mundial de la Salud. Tracking SARS-CoV-2 variants [Internet]. 2022 [citado 25 de mayo de 2022]. Disponible en: https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants
Centers for Disease Control and Prevention. Enfermedad del coronavirus 2019 (COVID-19) [Internet]. Centers for Disease Control and Prevention. 2022 [citado 25 de mayo de 2022]. Disponible en: https://espanol.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-classifications.html
GISAID. GISAID - Initiative [Internet]. 2022 [citado 26 de mayo de 2022]. Disponible en: https://www.gisaid.org/
Ministerio de Salud de Chile. Ord. B51 N°/2255, 25 de junio 2021. Medidas de refuerzo para envío de casos de SARS-CoV-2 para secuenciamiento. [Internet]. 2021. Disponible en: http://epi.minsal.cl/wp-content/uploads/2021/06/ORD_2255_25_06_2021_MEDIDAS_DE_REFUERZO_PARA_ENVIO_DE_MUESTRAS_DE_CASOS_SARS_COV2_A_SECUENCIAMIENTO.pdf
Organización Panamericana de la Salud. Sublinajes de la variante de preocupación para la salud pública omicrón - OPS/OMS | Organización Panamericana de la Salud [Internet]. 2022 [citado 26 de mayo de 2022]. Disponible en: https://www.paho.org/es/documentos/sublinajes-variante-preocupacion-para-salud-publica-omicron
Organización Mundial de la Salud. Statement on Omicron sublineage BA.2 [Internet]. 2022 [citado 26 de mayo de 2022]. Disponible en: https://www.who.int/news/item/22-02-2022-statement-on-omicron-sublineage-ba.2
Número de muestras secuenciadas por tipo de vigilancia, según fecha de obtención de muestra.
Chile, diciembre 2020-abril* 2023
* Datos con fecha de obtención de muestra hasta el 29 de abril 2023
Fuente: Departamento Laboratorio Biomédico Nacional y de Referencia
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Nota 1: Los casos se analizaron según semana epidemiológica correspondiente con la fecha de obtención de muestra.
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Nota 2: La información presentada es dinámica, por lo que podría ser modificada de acuerdo a la investigación epidemiológica
que realiza el Ministerio de Salud.
Número de muestras secuenciadas correspondientes a variantes de preocupación (VOC), según tipo de vigilancia.
Chile, diciembre 2020-abril* 2023
* Datos con fecha de obtención de muestra hasta el 29 de abril 2023
VOC : variantes de preocupación
Fuente: Departamento Laboratorio Biomédico Nacional y de Referencia
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Nota 1: Los casos se analizaron según semana epidemiológica correspondiente con la fecha de obtención de muestra. (Ver calendario)
Nota 2: La información presentada es dinámica, por lo que podría ser modificada de acuerdo a la investigación epidemiológica que realiza el Ministerio de Salud.
Número de muestras secuenciadas correspondientes a variantes de interés (VOI), según tipo de vigilancia.
Chile, diciembre 2020-abril* 2023
* Datos con fecha de obtención de muestra hasta el 29 de abril 2023
VOI : variantes de interés
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Número de muestras secuenciadas correspondientes a los linajes más frecuentes, No VOC y No VOI, según tipo de vigilancia
Chile, diciembre 2020-abril* 2023
* Datos con fecha de obtención de muestra hasta el 29 de abril 2023
** Agrupa al resto de los linajes/variantes, No VOC, No VOI y Otras no especificadas, no incorporados en la figura
Otra variante: corresponde a Otras variantes no especificadas
** Zeta: conforme la última actualización OMS deja de ser considerada VOI
VOC : variantes de preocupación VOI : variantes de interés
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Número y porcentaje de muestras secuenciadas de 10 linajes más frecuentes, según semana epidemiológica.
Chile, enero 2021-abril* 2023
* Datos con fecha de obtención de muestra hasta el 22 de abril 2023
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VOC : variantes de preocupación
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Nota 2: La información presentada es dinámica, por lo que podría ser modificada de acuerdo a la investigación epidemiológica que realiza el Ministerio de Salud.
Número y porcentaje de muestras recibidas y secuenciadas, según región de origen.
Chile, enero 2021-abril* 2023
* Datos con fecha de obtención de muestra hasta el 22 de abril 2023
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Distribución porcentual de muestras comunitarias de SARS-CoV-2 correspondientes a variante Delta,
según sublinaje por semana epidemológica.
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* Datos con fecha de obtención de muestra hasta el 22 de abril 2023
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Número y porcentaje de muestras secuenciadas, 10 linajes más frecuentes, según grupo etario.
Chile, enero 2021-abril* 2023
* Datos con fecha de obtención de muestra hasta el 22 de abril 2023
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VOC : variantes de preocupación
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Nota 2: La información presentada es dinámica, por lo que podría ser modificada de acuerdo a la investigación epidemiológica que realiza el Ministerio de Salud.
Número y porcentaje de muestras secuenciadas, 10 linajes más frecuentes, según sexo.
Chile, enero 2021-abril* 2023
* Datos con fecha de obtención de muestra hasta el 22 de abril 2023
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VOC : variantes de preocupación
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Nota 2: La información presentada es dinámica, por lo que podría ser modificada de acuerdo a la investigación epidemiológica que realiza el Ministerio de Salud.
Distribución porcentual de linajes más frecuentes según región
Chile, enero 2021-abril* 2023
* Datos con fecha de obtención de muestra hasta el 22 de abril 2023
VOC : variantes de preocupación
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Nota 2: La información presentada es dinámica, por lo que podría ser modificada de acuerdo a la investigación epidemiológica que realiza el Ministerio de Salud.
Número y porcentaje de muestras secuenciadas de 10 linajes más frecuentes, según semana epidemiológica.
Chile, diciembre 2020-abril* 2023
* Datos con fecha de obtención de muestra hasta el 29 de abril 2023
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VOC : variantes de preocupación
Fuente: Departamento Laboratorio Biomédico Nacional y de Referencia
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Nota 2: La información presentada es dinámica, por lo que podría ser modificada de acuerdo a la investigación epidemiológica que realiza el Ministerio de Salud.
Distribución porcentual de muestras fronteras de SARS-CoV-2 correspondientes a variante Delta,
según sublinaje por semana epidemológica.
Chile, diciembre 2020-abril* 2023
* Datos con fecha de obtención de muestra hasta el 29 de abril 2023
〥 Agrupa al resto de linajes/variantes no incorporados en la figura (click en fila para ver detalle)
Fuente: Departamento Laboratorio Biomédico Nacional y de Referencia
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Nota 2: La información presentada es dinámica, por lo que podría ser modificada de acuerdo a la investigación epidemiológica que realiza el Ministerio de Salud.
Número y porcentaje de muestras secuenciadas, según grupo etario.
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* Datos con fecha de obtención de muestra hasta el 29 de abril 2023
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Distribución porcentual de linajes, según región
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INFORME DE VARIANTES SARS-CoV-2
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Departamento: Agencia Nacional de Dispositivos Médicos, Innovación y Desarrollo (ANDID)
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